研究・技術

細胞変換技術開発チーム

Making sense of gene networks

※2018年4月の組織改編により、当研究室は生命医科学研究センターの所属になりました。最新の情報は下記よりご覧ください。
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チームリーダー
SHIN Jay W. D.Sci.

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22 W406
Tel: 045-503-9111 (内線 8397)

研究内容

ヒトの体から取り出した細胞は、特定の因子群が強制的に発現されると、別の機能を持つ細胞に変換（再プログラム）できる能力があります。変換された細胞は、再生医療や創薬スクリーニング、がんや老化研究に応用できます。当ユニットは単一細胞遺伝子スクリーニングを駆使し、様々な個性を持つ細胞から別の様々な個性を持つ細胞に直接変換する、多種類の細胞変換ための基盤技術の開発に取り組みます。この技術は、細胞変換に関わる基本因子群（転写因子、 ncRNA、エピジェネティック制御因子など）を迅速・確実に同定するツールとなるものです。

研究成果

Figure: Induction of neurons starting from either human fibroblasts or iPS cells,

stained with neuron-markers (beta3-tublin and MAP2).

論文

A predictive computational framework for direct reprogramming between human cell types

Rackham OJ, Firas J, Fang H, Oates ME, Holmes ML, Knaupp AS,; FANTOM Consortium, Suzuki H, Nefzger CM, Daub CO, Shin JW, Petretto E, Forrest AR, Hayashizaki Y, Polo JM, Gough J.
Nat Genet, 48(3), 331-335 (2016).

Paradigm shifts in genomics through the FANTOM projects

De Hoon, M., Shin, J.W., Carninci, P.
Mammalian Genome, 26(9), 391-402 (2015).

A transient disruption of fibroblastic transcriptional regulatory network facilitates trans-differentiation.

Tomaru Y, Hasegawa R, Suzuki T, Sato T, Kubosaki A, Suzuki M, Kawaji H, Forrest AR, Hayashizaki Y; FANTOM Consortium, Shin JW, Suzuki H.
Nucleic Acids Research, 42(14), 8905-8913 (2014).

Comparison of CAGE and RNA-seq transcriptome profiling using clonally amplified and single-molecule next-generation sequencing

Kawaji, H., Lizio, M., Itoh, M., Kanamori-Katayama, M., Kaiho, A., Nishiyori-Sueki, H., Shin, JW., Kojima-Ishiyama, M., Kawano, M., Murata, M., Ninomiya-Fukuda, N., Ishikawa-Kato, S., Nagao-Sato, S., Noma, S., Hayashizaki, Y., Forrest, ARR., Carninci, P
Genome Res, 24(4), 708-717 (2014).

A promoter-level mammalian expression atlas

FANTOM Consortium and the RIKEN PMI and CLST (DGT)
Nature, 507(7493), 462-470 (2014).

Temporal dynamics and transcriptional control using single-cell gene expression analysis

Kouno T, de Hoon M, Mar JC, Tomaru Y, Kawano M, Carninci P, Suzuki H, Hayashizaki Y, Shin JW.
Genome Biol, 14(10), R118 (2013).

Identification of ZNF395 as a novel modulator of adipogenesis

Hasegawa R, Tomaru Y, de Hoon M, Suzuki H, Hayashizaki Y, Shin JW.
Exp Cell Res, 319(3), 68-76 (2013).

Establishment of single-cell screening system for the rapid identification of transcriptional modulators involved in direct cell reprogramming.

Shin JW, Suzuki T, Ninomiya N, Kishima M, Hasegawa Y, Kubosaki A, Yabukami H, Hayashizaki Y, Suzuki H.
Nucleic Acids Res, 40(21), e165 (2012).

Reconstruction of monocyte transcriptional regulatory network accompanies monocytic functions in human fibroblasts.

Suzuki T, Nakano-Ikegaya M, Yabukami-Okuda H, de Hoon M, Severin J, Saga-Hatano S, Shin JW, Kubosaki A, Simon C, Hasegawa Y, Hayashizaki Y, Suzuki H.
PLoS One, 7(3), e33474 (2012).