研究・技術

構造バイオインフォマティクス研究チーム

We compute for life.

※2018年4月の組織改編により、当研究室は生命機能科学研究センターの所属になりました。最新の情報は下記よりご覧ください。
> 生命機能科学研究センター構造バイオインフォマティクス研究チーム

チームリーダー
ZHANG Kam Ph.D.

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1丁目7番22号
Tel: 045-503-9560

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研究内容

タンパク質の複雑な生物学的機能は、同じく複雑な三次元構造によって決定されます。私たちは、こうしたタンパク質の構造を計算科学的に研究することで、その機能を理解し、調節することを目指しています。そのため、タンパク質構造予測における手法を開発し、また、設計原理を応用し、新規の構造をもつ、新しい生物学的機能あるいは治療効果のあるタンパク質を創造します。新たな手段を探索し、X線結晶構造解析における位相問題の解決にも取り組み、さらには様々な創薬標的に対する新たな阻害剤の発見に向けた、計算手法の開発や応用を行います。

研究成果

論文

Biomineralization of a Cadmium Chloride Nanocrystal by a Designed Symmetrical Protein.

Voet AR, Noguchi H, Addy C, Zhang KYJ, Tame JR.
Angew Chem Int Ed Engl., 54(34), 9857-9860 (2015).

Computational design of a self-assembling symmetrical β-propeller protein

Voet AR, Noguchi H, Addy C, Simoncini D, Terada D, Unzai S, Park SY, Zhang KYJ, Tame JR.
Proc Natl Acad Sci USA, 111(42), 15102-15107 (2014).

Identification of sumoylation inhibitors targeting a predicted pocket in Ubc9

Kumar A, Ito A, Hirohama M, Yoshida M, Zhang KYJ.
J Chem Inf Model, 54, 2784-2793 (2014).

Discovery of small molecule inhibitors targeting the SUMO–SIM interaction using a protein interface consensus approach

Voet ARD, Ito A, Hirohama M, Matsuoka S, Tochio N, Kigawa T, Yoshida M, Zhang KYJ.
Med Chem Commun, 5(6), 783-786 (2014).

Identification of 1,2,5-oxadiazoles as a new class of SENP2 inhibitors using structure based virtual screening.

Kumar A, Ito A, Takemoto M, Yoshida M, Zhang KYJ.
J Chem Inf Model, 54(3), 870-880 (2014).

A rotation-translation invariant molecular descriptor of partial charges and its use in ligand-based virtual screening

Berenger F, Voet A, Lee XY, Zhang KYJ.
Journal of Cheminformatics, 6(23), (2014).

Combining in silico and in cerebro approaches for virtual screening and pose prediction in SAMPL4

Voet AR, Kumar A, Berenger F, Zhang KYJ.
J Comput Aided Mol Des, 28(4), 363-373 (2014).

Improving fragment quality for de novo structure prediction

Shrestha R, Zhang KYJ.
Proteins, 82(9), 2240-2252 (2013).

Efficient sampling in fragment-based protein structure prediction using an estimation of distribution algorithm.

Simoncini D, Zhang KYJ.
PLoS One, 8(7), e68954 (2013).

Entropy-accelerated exact clustering of protein decoys.

Berenger F, Zhou Y, Shrestha R, Zhang KYJ.
Bioinformatics, 27(7), 939-945 (2011).

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メンバー *：兼務

ZHANG Kam
チームリーダー
KUMAR Ashutosh
研究員
THEVENET Pierre
特別研究員
寺田大樹
大学院生リサーチ・アソシエイト
Janezic Matej
大学院生リサーチ・アソシエイト
Kalarickal Vijayan Dileep
訪問研究員
PADHI Aditya
特別研究員
SIMONCINI David
客員研究員
SHRESTHA Rojan
客員研究員

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Biomineralization of a Cadmium Chloride Nanocrystal by a Designed Symmetrical Protein.

Computational design of a self-assembling symmetrical β-propeller protein

Identification of sumoylation inhibitors targeting a predicted pocket in Ubc9

Discovery of small molecule inhibitors targeting the SUMO–SIM interaction using a protein interface consensus approach

Identification of 1,2,5-oxadiazoles as a new class of SENP2 inhibitors using structure based virtual screening.

A rotation-translation invariant molecular descriptor of partial charges and its use in ligand-based virtual screening

Combining in silico and in cerebro approaches for virtual screening and pose prediction in SAMPL4

Improving fragment quality for de novo structure prediction

Efficient sampling in fragment-based protein structure prediction using an estimation of distribution algorithm.

Entropy-accelerated exact clustering of protein decoys.

メンバー *：兼務