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理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター RIKEN Center for Life Science Technologies

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イベント

 

[12月5日] シーケンサー利用技術講習会 第14回 CAGEデータ解析およびFANTOM5データベース利用実技講習会

[日時] 

2017年12月5日(火)

[時間] 

9:30 - 12:30

[場所] 

理化学研究所 神戸キャンパス 多細胞システム形成研究センター(CDB) A棟7階セミナー室 N701/703

[主催]  


理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター 機能性ゲノム解析部門

 

[協力]  


国立遺伝学研究所

[概要] 

理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター機能性ゲノム解析部門では、次世代シーケンサーを用いたシーケンサー利用技術講習会を開催しています。今回の第14回ではCAGEデータの計算機解析の方法、特にFANTOM5の成果を活用した解析手法に関する講義と実習を行います。講義では、CAGE法の概要やFANTOM5の成果に加え、CAGEデータの処理方法、解釈の仕方などに関する解説を行い、その後、実際のデータを利用した実習を行います。ご自身で持参いただいたパソコンをクライアントとして用い、Linuxサーバにアクセスしていただく形式で実習を行いますので、LinuxとRに関する基礎知識と経験のある方を対象者といたします。

 次世代シーケンサーは遺伝子解析システムとして極めて強力な研究ツールであり、著しい技術革新が進んでいます。生命現象の解明とその応用を目指し、サンプル処理技術やシーケンス技術に加え、産出されたデータを解釈するためのデータ解析技術の開発が世界中で進められています。当部門では、次世代シーケンサーの利用推進と生命科学研究の充実を図るため、これらの技術の習得を目的としたシーケンサー利用技術講習会を産官学の生命科学研究者を対象に平成21年度より開催しています。

 また、当部門では2000年よりFANTOMプロジェクト(Functional Annotation of the Mammalian Genomeの略)を推進してきました。これは理化学研究所のマウスゲノム百科事典プロジェクトで収集された完全長cDNAのアノテーション(機能注釈)を行うことを目的に結成された国際研究コンソーシアムです。その役割はトランスクリプトーム解析における理研独自の技術を軸に発展・拡大してきました。近年のFANTOM5では様々な種類の細胞における転写調節機構を明らかにすることを目的として、一分子シーケンサーによる網羅的転写開始点解析(CAGE法:Cap Analysis of Gene Expression)を様々な臓器 、細胞株、初代培養細胞を含むヒト約1,800サンプル、マウス約1,000サンプルへ適用しました。その結果はFANTOM5データベースとして公開されており、測定された約20万のプロモータと約4万のエンハンサーの様々な細胞における活性情報は、転写制御をより精密に理解する上での重要な基盤といえるでしょう。さらに、約3万種の長鎖ノンコーディングRNA(lncRNA)のヒトゲノム上での正確な位置や配列の特徴、細胞や組織での発現パターンを示した「ヒトlncRNAアトラス(地図)」、ヒトおよびマウスのマイクロRNA(miRNA)の発現パターンやプロモータ領域を示した「miRNA発現アトラス」も公開されました。

[今回の講習会の目的] 

今回の講習会では、国立遺伝学研究所にもご協力いただき、従来のCAGEデータ解析方法に加え、FANTOM5の成果を活用したポストFANTOM5ともいうべき解析方法に関する技術の習得を目的とした講義と実習を行います。

また、これまで本講習会は理化学研究所横浜キャンパスにおいて行っていましたが、今回は、新たに神戸キャンパスで開催いたします。これまで参加の難しかった方にも、この機会に、是非ご参加いただければと思っております。

 本講習会の終了後、同じく理化学研究所神戸キャンパスにおいて、Kobe NGS Day(http://www.clst.riken.jp/phylo/events_dir.html)が開催されます。その中で、次世代シーケンサーやその利用技術に関わる企業からの発表が行われます。御興味のある方は、是非、併せて御参加下さい。また、通常は、本講習会後に、懇親会を開催しておりますが、今回は、Kobe NGS Day後に行われる交流会に御参加いただき、多くの方と交流を深めていただけたらと思います。

参加には事前登録が必要です。ページ下の参加申込書をご利用ください。講習会終了時に修了証を授与します。

※国立研究開発法人理化学研究所と国立遺伝学研究所は国立研究開発法人日本医療研究開発機構・創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業・バイオロジカルシーズ探索ユニットにおいて、研究開発課題「生体試料を用いた大規模機能ゲノミクス解析による創薬等支援及び技術基盤の整備(高度化)」として採択され、創薬やライフサイエンス研究を支援するプロジェクトとして、外部研究者に次世代シーケンス解析技術を提供しています。本事業の一環として、次世代シーケンサー利用技術の普及を目的とした講習会を実施いたします。

[プログラム(今後変更することがあります)] 

項目 形式 時間(予定) 担当者
1. CAGE法、FANTOM5に関する概要 講義 15分 理化学研究所 橋本浩介、野口修平
2. データの見方、使い方、品質チェックの方法 講義 15 分 理化学研究所 粕川 雄也
3. FANTOM5データを使ったCAGE解析実習 講義/実習 110分 理化学研究所 粕川 雄也、橋本 浩介、野口 修平
4. DDBJ Sequence Read Archive(DRA)と Japanese Genotype-phenotype Archive(JGA)の紹介 講義/デモンストレーション 20分 国立遺伝学研究所 福田 亜沙美
5. 技術支援のご紹介(自身のCAGE解析に着手するために) 講義   理化学研究所 眞鍋 理一郎
オプション ラボツアー 見学 30分 理化学研究所 工樂 樹洋

 
※講義、実習等は日本語で行います。

※5. 技術支援のご紹介は、当日午後に開催される、Kobe NGS Dayにおいて行います。

[募集対象] 

大学、大学院、各種研究機関、企業等においてトランスクリプトーム解析を用いて研究を行なう方、次世代シーケンサーデータの利用を予定している方、もしくは利用に興味のある方を対象としています。特に今回は、ご自身で持参いただいたパソコンをクライアントとして用いLinuxサーバにアクセスした実習を行うことから、LinuxとRに関する基礎知識と経験のある方を対象者といたします。

[定員] 

15名 

希望者多数の場合は、参加締め切り後に書類選考にて選抜を行います。

[参加費] 

500円

当日受付へご持参ください。

[お申込み手続き] 

参加を希望される方は、 申し込みフォームをダウンロードして下記の内容をご記入の上、2017年11月27日(月)までにEmailに添付の形でsequencer-tech-course(at)ml.riken.jpまでお申し込みください。

1)お名前

2)研究機関名・所属

3)連絡先(勤務地、電話およびEmail)

4)シーケンサー使用経験

5) 持ち込みが可能なLinuxサーバにアクセスできるパソコン

6)Rソフトウエアの経験等

参加申込書

[お問合せ・お申込み先] 

お問合せ・お申込み先:

国立研究開発法人 理化学研究所 
ライフサイエンス技術基盤研究センター 機能性ゲノム解析部門 
シーケンサー利用技術講習会担当 齋藤 力、山本 由美子
〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22
Tel:045-503-9250/9237  
E-mail:  sequencer-tech-course(at)ml.riken.jp