理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター RIKEN Center for Life Science Technologies

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研究・技術

分子配列比較解析ユニット

実験デザインからデータ解析まで、進化する大規模解析技術を生物学の現場に

ユニットリーダー
工樂 樹洋   Ph.D.

〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町2-2-3
CDB C棟2階S204号室

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研究内容

DNAシークエンサーと質量分析計を利用した研究支援業務を行うとともに、分子進化に関わる独自の研究を行っています。遺伝子発現とそのエピジェネティック制御に関する大規模解析などを、実験サンプルを評価する研究者とバイオインフォマティクススタッフを共存させるという稀有なスタッフ構成でシームレスに進めています。複数の非モデル生物の国際ゲノムプロジェクトに参画した実績をベースに、ヒトライフサイエンスにつなげるべく、分子配列情報の種間比較リテラシーに基づく解析支援および独自の研究開発も進めています。 

研究技術支援のおもな内容

  •  次世代シークエンス
  •  サンガー(キャピラリー)シークエンス
  •  質量分析
  •  分子配列情報解析
  •  ChIP-seqサンプル調製
  •  各種技術相談(ChIP、NGSライブラリ作成、NGSインフォマティクス、DNAクローニング)

論文

1

gVolante for standardizing completeness assessment of genome and transcriptome assemblies

Nishimura O, Hara Y, Kuraku S
Bioinformatics,, in press (2017).
2

CTCF binding landscape in jawless fish with reference to Hox cluster evolution.

Kadota M, Hara Y, Tanaka K, Takagi W, Tanegashima C, Nishimura O, Kuraku S.
Sci Rep, 7(1), 4957 (2017).
3

Evidence from cyclostomes for complex regionalization of the ancestral vertebrate brain

Sugahara F, Pascual-Anaya J, Oisi Y, Kuraku S, Aota S, Adachi N, Takagi W, Hirai T, Sato N, Murakami Y, Kuratani S.
Nature, 531(7592), 97-100 (2016).
4

Mammalian reverse genetics without crossing reveals Nr3a as a short-sleeper gene

Sunagawa GA, Sumiyama K, Ukai-Tadenuma M, Perrin D, Fujishima H, Ukai H, Nishimura O, Shi S, Ohno R, Narumi R, Shimizu Y, Tone D, Ode KL, Kuraku S, Ueda HR
Cell Rep, 14(3), 662-77 (2016).
5

Evolution of the fish heart by sub/neofunctionalization of an elastin gene.

Moriyama Y, Ito F, Takeda H, Yano T, Okabe M, Kuraku S, Keeley FW, Koshiba-Takeuchi K,.
Nat Commun, 7, 10397 (2016).
6

Incorporating tree-thinking and evolutionary time scale into developmental biology.

Kuraku S, Feiner N, Keeley SD, Hara Y.
Dev Growth Differ., 58(1), 131-42 (2016).
7

Optimization and cost-saving in tagmentation-based mate-pair library preparation and sequencing

Tatsumi K, Nishimura O, Itomi K, Tanegashima C, and Kuraku S.
Biotechniques, 58(5), 253-257 (2015).
9

Sequencing of the sea lamprey (Petromyzon marinus) genome provide insights into vertebrate evolution

Smith JJ, Kuraku S, Holt C, Sauka-Spengler T, Jiang N, Campbell MS, Yandell MD, Manousaki T, Meyer A, Bloom OE, Morgan JR, Buxbaum JD, Sachidanandam R, Sims C, Garruss AS, Cook M, Krumlauf R, Wiedemann LM, Sower SA, Decatur WA, Hall JA, Amemiya CT, Saha NR, Buckley KM, Rast JP, Das S, Hirano M, McCurley N, Guo P, Rohner N, Tabin CJ, Piccinelli P, Elgar G, Ruffier M, Aken BL, Searle SM, Muffato M, Pignatelli M, Herrero J, Jones M, Brown CT, Chung-Davidson YW, Nanlohy KG, Libants SV, Yeh CY, McCauley DW, Langeland JA, Pancer Z, Fritzsch B, de Jong PJ, Zhu B, Fulton LL, Theising B, Flicek P, Bronner ME, Warren WC, Clifton SW, Wilson RK, Li W.
Nat Genet, 45(4), 415-421 (2013).
10

Impact of asymmetric gene repertoire between cyclostomes and gnathostomes.

Kuraku S.
Semin Cell Dev Biol, 24(2), 119-127 (2013).

メンバー  *:兼務

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