研究・技術

トランスクリプトーム研究チーム

※2018年4月の組織改編により、当研究室は生命医科学研究センターの所属になりました。最新の情報は下記よりご覧ください。
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チームリーダー
CARNINCI Piero Ph.D.

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22

研究内容

細胞内の全DNAの塩基配列情報をさす「ゲノム」に対し、細胞内の全転写産物（全RNA）を「トランスクリプトーム」とよびます。トランスクリプトームの大半はタンパク質の情報を持たないノンコーディングRNA(ncRNA)であり、エピジェネティック制御やタンパク質合成制御、幹細胞性の制御など様々な機能に関わっています。当チームは、ncRNAを網羅的に検出する技術やその機能を網羅的に調べる技術を開発し、新たなバイオマーカーの同定や薬剤候補因子の発見、細胞制御、細胞変換に応用します。ncRNAクロマチン、レトロトランスポゾンのncRNAによる制御や、ncRNAのタンパク質合成における制御を調べます。また定量的な発現解析手法であるCAGE技術等のトランスクリプトーム技術の標準化を進めます。

研究成果

翻訳を促進するアンチセンスRNAの機能解析
2018/03/15
網羅的なRNAアトラスの基盤データを詳細に記述－FANTOM5によるオープンサイエンスを加速－
2017/08/30
マイクロRNAをより詳細にカタログ化
2017/08/22
B型肝炎ウイルスの詳細な転写マップを作成
2016/10/28
タンパク質合成を促進する「ジャンク」と呼ばれていたRNA
2016/10/28
肝細胞がんで活性化するレトロウイルス由来のRNA
2015/10/29
ncRNA の発現がiPS細胞とES細胞の違いを決める
2015/03/11
幹細胞の多能性に関わるレトロトランスポゾン由来のRNA
2014/04/29

論文

Nuclear transcriptome profiling of induced pluripotent stem cells and embryonic stem cells identify non-coding loci resistant to reprogramming.

Fort A, Yamada D, Hashimoto K, Koseki H, Carninci P.
Cell Cycle, 14(8), 1148-1155 (2015).

Transcribed enhancers lead waves of coordinated transcription in transitioning mammalian cells.

Arner E, Daub CO, Vitting-Seerup K, Andersson R, Lilje B, Drabløs F, Lennartsson A, Rönnerblad M, Hrydziuszko O, Vitezic M, Freeman TC, Alhendi AM, Arner P, Axton R, Baillie JK, Beckhouse A, Bodega B, Briggs J, Brombacher F, Davis M, Detmar M, Ehrlund A, Endoh M, Eslami A, Fagiolini M, Fairbairn L, Faulkner GJ, Ferrai C, Fisher ME, Forrester L, Goldowitz D, Guler R, Ha T, Hara M, Herlyn M, Ikawa T, Kai C, Kawamoto H, Khachigian LM, Klinken SP, Kojima S, Koseki H, Klein S, Mejhert N, Miyaguchi K, Mizuno Y, Morimoto M, Morris KJ, Mummery C, Nakachi Y, Ogishima S, Okada-Hatakeyama M, Okazaki Y, Orlando V, Ovchinnikov D, Passier R, Patrikakis M, Pombo A, Qin XY, Roy S, Sato H, Savvi S, Saxena A, Schwegmann A, Sugiyama D, Swoboda R, Tanaka H, Tomoiu A, Winteringham LN, Wolvetang E, Yanagi-Mizuochi C, Yoneda M, Zabierowski S, Zhang P, Abugessaisa I, Bertin N, Diehl AD, Fukuda S, Furuno M, Harshbarger J, Hasegawa A, Hori F, Ishikawa-Kato S, Ishizu Y, Itoh M, Kawashima T, Kojima M, Kondo N, Lizio M, Meehan TF, Mungall CJ, Murata M, Nishiyori-Sueki H, Sahin S, Nagao-Sato S, Severin J, de Hoon MJ, Kawai J, Kasukawa T, Lassmann T, Suzuki H, Kawaji H, Summers KM, Wells C; FANTOM Consortium, Hume DA, Forrest AR, Sandelin A, Carninci P, Hayashizaki Y.
Science, 347(6225), 1010-1014 (2015).

Deep transcriptome profiling of mammalian stem cells supports a key regulatory role for retrotransposon in pluripotency maintenance

Fort A, Hashimoto K, Yamada D, Salimullah M, Keya CA, Saxena A, Bonetti A, Voineagu I, Bertin N, Kratz A, Noro Y, Wong CH, de Hoon M, Andersson R, Sandelin A, Suzuki H, Wei CL, Koseki H; FANTOM Consortium, Hasegawa Y, Forrest AR, Carninci P.
Nature Genetics, 46(6), 558-566 (2014).

A promoter-level mammalian expression atlas

FANTOM Consortium and the RIKEN PMI and CLST (DGT)
Nature, 507(7493), 462-470 (2014).

An atlas of active enhancers across human cell types and tissues

Andersson R, Gebhard C, Miguel-Escalada I, Hoof I, Bornholdt J, Boyd M, Chen Y, Zhao X, Schmidl C, Suzuki T, Ntini E, Arner E, Valen E, Li K, Schwarzfischer L, Glatz D, Raithel J, Lilje B, Rapin N, Bagger FO, Jørgensen M, Andersen PR, Bertin N, Rackham O, Burroughs AM, Baillie JK, Ishizu Y, Shimizu Y, Furuhata E, Maeda S, Negishi Y, Mungall CJ, Meehan TF, Lassmann T, Itoh M, Kawaji H, Kondo N, Kawai J, Lennartsson A, Daub CO, Heutink P, Hume DA, Jensen TH, Suzuki H, Hayashizaki Y, Müller F; FANTOM Consortium, Forrest AR, Carninci P, Rehli M, Sandelin A.
Nature, 507(7493), 455-461 (2014).